Elle joue un rôle très important dans l’organisation, notamment l’animation spirituelle, l’écoute et le conseil de toutes les personnes de l’établissement et reçoit toutes les personnes quelle que soient leurs convictions religieuses (catholique, musulman, protestant…), étant donné que la foi étant universelle. Il pourrait assurer une certaine médiation dans la gestion des conflits.

Dans son cahier de charge figure également la campagne de charité qui est organisée deux fois par an à l’occasion du jeûne (Ramadan et Carême). Une collecte de fonds est faite à cet effet auprès des étudiants et du personnel. Les fonds collectés sont reversés à divers nécessiteux après approbation du conseil de direction. Les cibles sont les étudiants malades, les pouponnières, les populations sinistrées et toute autre personne ou entité en détresse.

L’Aumônerie joue le rôle d’écoute sociale.

Le chœur Saint Michel est logé dans l’aumônerie.